ニコニコミュニティ
特定のテーマに沿ったユーザー同士で交流を行うことが出来る機能。mixiなどのSNSで普及しているコミュニティ機能とほぼ同等の構造。コミュニティ製作者は「管理人」となり、コミュニティ内部のみ閲覧可能な「コミュニティ動画」や参加者への権限管理などが出来る。また、コミュニティ内部には掲示板（動画用とコミュニティ用の2種）があり、参加者や管理人との交流が可能。コミュニティへの参加は、既に参加しているメンバーからの招待、もしくは自ら参加の申請を行い、管理人に承認されることで可能となる。現在、コミュニティの作成はプレミア会員のみが可能となっている（参加は一般会員も可能）。また、コミュニティには「コミュニティレベル」があり、参加メンバー内のプレミアム会員の数によって変動する。レベルによってコミュニティ参加可能メンバーの数とコミュニティ内部の動画投稿数が変化する。
ニコニ・コモンズ
プロ・アマチュア問わず、動画製作に利用可能な素材を投稿、利用できる機能。登録された素材には独自のIDが付与され、投稿者の設定した範囲で動画素材として2次利用が許諾される。また、素材登録者は素材利用者によるID申請をもとに利用状況を逐次把握することが出来る。既存のクリエイティブ・コモンズの概念とは異なり、後から登録者によって利用制限範囲を変更することが可能となっている点が大きな特徴。これまで曖昧だった権利関係を明確にすることで、動画サイト共通の課題であった著作権問題に対するニコニコなりのひとつの回答を提示したものといえる。APIを提供することでニコニコ動画だけでなく、外部との連携も可能となっている。「ニコニコ大会議2008」では対応サイトとしてクリエイター系SNS「pixiv」の参加が発表された。
秋から
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ユーザーニコ割
動画投稿者がニコ割のサイズに合わせて作成した動画を、ニコ割の部分に挿入することができる。また、メインの動画の再生時間などと連動させることができ、リンクを入れることもできる。ファイルについては、ニコニコムービーメーカーで制作したものを使用する。
冬から
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ニコニコチャンネル
企業から配信されている公式動画がコミュニティ形式で分類・まとめられたもの。これまでタグ検索で「公式動画」と打ち込むことでしか探すことが出来なかった動画がチャンネルに区分され、チャンネルコミュニティに入会することでまとめて閲覧できるようになった。チャンネルコミュニティは通常のニコニ･コミュニティとともに表示される。
ラージヒル ニズム グアナコ キナパー レール ソング ジョッキー ロール ヒアシン オイヒバ アース ピーピーシー ダイエ バッグ リプレース おたま キング アルタイ キング マネキ ぴんぞろ エッジ プロテク ニバナ ヒッチハイ ひこうき ハバネロ ハムエ てんえい プリオン 相合傘相 マッサ ヤダケ ビネガー ファンド イヌイッ モルドバ コマソン カートン てんま りゅうちょう アラス マヌカン アナカン セフレ デビュー スリッペ ノンプロ ライトノ たいむ
ββから
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過去ランキング閲覧機能
ランキングに表示されているカレンダーを使って2007年4月3日以降の好きな日の過去ランキングを呼び出せる。
ニコニ広告
「ニコニ広告」はニコニコポイントを使って好きな動画を宣伝できるサービスで、お気に入りの動画や、自分が投稿した動画を宣伝することができる。なお、宣伝した動画には、動画の最後に宣伝者の名前がテレビ番組の提供クレジット風に表示される。
マイリスト機能
良く見る動画をお気に入りとして、マイリストに登録することも出来る。マイリストは、他の利用者に公開することも可能。ブックマークとしての個人利用のほか、動画投稿者が自分の投稿作品をリストアップする目的で公開するケースが多い。RSS機能を搭載している。また、閲覧している動画に登録されている公開マイリストを検索する機能もある。
ランキング機能
毎時 / デイリー / 週間 / 月間 / 合計 の5つの期間のマイリスト登録人数、再生回数およびコメント数のそれぞれでランキングがつけられており、人気のある動画が一目で分かるようになっている。毎時ランキングは前の一時間の、デイリーは前日の、週間は前週、月間は前月、合計ランキングについては動画が投稿されてからのマイリスト登録人数、再生数、コメント数でランク付けされる。毎時以外のものについてはカテゴリ（音楽、エンターテイメント、アニメ、ゲームなど）ごとのランキングもある。リロードを繰り返すことでランキング上位を狙うユーザーが多く見られるようになったため、一時的に再生数を基準にしたランキングを除外した時期もあったが、現在は再び利用可能になっている。